地震で高架橋が崩壊した六甲道付近の復旧工事も急ピッチで進められた結果，当初の予定より大幅に早い4月1日にＪＲ神戸線が全線復旧した。
この時点では平行する阪急・阪神・神戸高速・山陽電鉄各社では不通区間がまだ残っており，これらの鉄道利用者もＪＲ神戸線に流れてくると見込まれたため，
朝夕ラッシュ時に増発・増結された。
また，朝ラッシュ時の一部下り快速が尼崎に停車するようになった。
なお，阪急が全線開通した6月12日にも快速の尼崎停車の拡大と 朝ラッシュ時上り快速の到達時間短縮などダイヤが一部が変更されている。
新快速が増発されて倍増し， 新快速と快速がそれぞれ8分毎に交互に運転されることになった。退避パターンも大幅に変更され， それまでは通常使用されることがなかった神戸駅1番線が，新快速を退避する快速に使用されることとなった。 また，今回から一部の下り快速が尼崎に停車し始め，6月にも尼崎停車本数が増加された。
複々線の西明石以東では，内側線・電車線を普通だけが等間隔平行ダイヤで運転， 外側線・列車線で新快速と快速が運転されている。 （退避パターンは下図のとおり。同図で西明石以東は普通を省略。）
兵庫以東では，快速は半数以上の駅に停車するうえ，神戸と芦屋で新快速を退避するため， 西ノ宮までは内側線を退避のない平行ダイヤで運転される普通のほうが運転時分が短く， 普通よりも遅い快速という中途半端な存在となった。
なお，普通のうち2本は加古川発で運転されている。
| 大阪 | 西明石 | 加古川 | 姫路 | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 新快速 | 8分 | |||||
| 快速(外側線) | 8分 | |||||
| 普通 | 3分 | 32分(2本のみ) | - | |||
新快速が外側・列車線を，快速と普通が内側・電車線を走行する。
新快速と普通は別線での走行ながら芦屋と三ノ宮の両駅にて絶妙なタイミングで相互接続している。
普通は大阪〜神戸で平均7.5分間隔，神戸〜西明石で15分間隔。
新快速，快速が大阪〜加古川でそれぞれ15分間隔である。
加古川〜姫路では，新快速は同じく15分間隔，快速は半減。
西明石以西では快速が各駅に停車して普通の役割を果たしている。
| 大阪 | 神戸 | 西明石 | 加古川 | 姫路 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 新快速 | 4本 | |||||||
| 快速 | 4本 | 2本 | ||||||
| 普通 | 8本 | 4本 | - | |||||
昼間と同様，大阪〜姫路で新快速が15分間隔で運転されており， 大阪〜西明石では快速1本と普通2本をあわせて1セットで15分ヘッドをベースに， 外側・列車線の快速が3本追加運転されている。 また，今回，1時間に1本合計3本の大阪発新快速が増発された。
ラッシュ時には普通の各駅での停車時間が長くなっているため所要時間が伸び， 大阪と三ノ宮では昼間のダイヤのような新快速と普通との接続はとられていない。
| 大阪 | 西明石 | 加古川 | 姫路 | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 新快速 | 4+1本 | |||||
| 快速(外側線) | 0+α本 | あわせて 4〜5本 | ||||
| 快速(内側線) | 4本 | |||||
| 普通 | 8本 | - | ||||
