Universal Studios Japan（USJ）の新アトラクション導入にあわせて，JRゆめ咲線（桜島線）シャトル列車用特別塗装の103系1編成が 新デザインにリニューアルされ，2004年1月10日に神戸駅でも展示会が催されました。
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加古川駅付近の高架化工事が進められてきましたが，まずはＪＲ神戸線の下り線が2003年5月12日から，上り線が同年5月26日から，高架線になりました。
下り線が高架線に移ってから上り線が高架に移るまでの2週間は加古川での折り返しができなかったため，
この移行期間中は加古川折り返し列車は隣の宝殿まで回送されての折り返しとなりました。
昼間の快速は上り加古川発のダイヤを変更。
所定では快速が加古川を新快速の前に発車し，
東加古川にて快速が新快速を退避しますが，
移行期間中は快速（宝殿から加古川まで回送）が宝殿出発時から新快速の後を追う形とすることで
運用の変更をせずに宝殿回送折り返しを実現しています。
平日朝ラッシュ時の加古川折り返し普通電車は運用変更され，宝殿まで回送・折り返しとなっていました。
写真右上：高架化された上り線を通過するEF65-114単機（3864レ）
引き続いて加古川線の高架化とＪＲ神戸線4番線新設の工事が2005年完成を目標に続けられます。
2001年3月にオープンするUniversal Studios Japan（USJ）へのアクセス路線となる桜島線に，USJに因んだ特別塗装の103系が使用されることになり， 2001年1月20日に神戸駅でも展示会が催されました。
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鷹取工場の機能を移転して2000年4月に操業開始した網干総合車両所で，かつての鷹取工場と同様，夏にふれあいフェアが開催されました。
最新の検修設備の一般公開とSL運転などのイベントも盛りだくさんで，時折雨が降る悪天候ながらたくさんの人で賑わいました。
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これまでＪＲの普通系列車には運転台のついている車両にシルバーシートが設けられていましたが， 1999年8月1日から，からだの不自由な方とお年寄りだけでなく妊婦の方などにも対象を拡大した優先座席が 全車両に設置されることになりました。
３６２１Ｍが雪による？遅延(約15分)で，加古川で打切り。（折返し上りも姫路−加古川運休でしょう。）
車両の行先表示だけでなく，神戸・明石駅の行先表示でも新快速加古川と表示されていました。
須磨駅などの表示では実際の運転状況と連動しておらず，列車が遅れていても表示は次の列車の表示に進んでしまって，
表示と列車の行先が食い違っていることもあるのとは対照的です。
