ＪＲになってはじめての本格的なダイヤ変更が1988年3月に行われた。全国的にはこのときに青函トンネルが開通し，翌月には瀬戸大橋も開通することになっており， 北海道・本州・四国・九州が鉄道で結ばれた。
東海道・山陽線では夕方ラッシュ時にも新快速が本格的に運転され始めた。朝ラッシュ時と昼間のダイヤパターンには大きな変更はない。
なお，外側・列車線快速も六甲道に停車することになり，全快速が六甲道停車となった。
複々線の西明石以東では，内側線・電車線を普通だけが， 外側線・列車線で快速が， いずれもほぼ等間隔平行ダイヤで運転されている。（パターンは下図のとおり。同図で西明石以東は普通を省略。） なお，普通のうち2本は加古川発で運転されている。
| 大阪 | 西明石 | 加古川 | 姫路 | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 新快速 | − | |||||
| 快速(外側線) | 平均6分 | |||||
| 普通 | 3分 | 32分(2本のみ) | - | |||
新快速が外側・列車線を，快速と普通が内側・電車線を走行する。
新快速と普通は別線での走行ながら三ノ宮にて絶妙なタイミングで相互接続している。
普通は大阪〜神戸で平均7.5分間隔，神戸〜西明石で15分間隔。
新快速，快速が大阪〜西明石でそれぞれ15分間隔である。
西明石〜姫路では，新快速は同じく15分間隔，各駅停車である快速は半減，
普通は1時間に1本だけ加古川まで運転されている。
| 大阪 | 神戸 | 西明石 | 加古川 | 姫路 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 新快速 | 4本 | |||||||
| 快速 | 4本 | 2本 | ||||||
| 普通 | 8本 | 4本 | 1本 | - | ||||
今回から新快速が本格的に運転され始めた。ただし，運転間隔は一定ではない。
一方，大阪〜西明石で快速1本と普通2本が1セットで15分ピッチの完全なパターンダイヤとなった。
その他に外側・列車線の快速が概ね30分ごとに運転されている。甲子園口折返しの普通は消滅した。
| 大阪 | 西明石 | 加古川 | 姫路 | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 新快速 | 3本 | |||||
| 快速(外側線) | 0+α本 | あわせて 4本 | ||||
| 快速(内側線) | 4本 | |||||
| 普通 | 8本 | 1本 | - | |||
