北陸線の長浜〜敦賀と湖西線の永原〜近江塩津の電化方式が交流から直流に変更されて直流電車が敦賀まで乗入れ可能になり，
2006年10月21日にダイヤ改正が行われた。
北陸線の長浜〜敦賀と湖西線の永原〜近江塩津の電化方式が交流から直流に変更されて直流電車が敦賀まで乗入れ可能になり，
2006年10月21日にダイヤ改正が行われた。
今回のダイヤ改正におけるＪＲ神戸線での変更内容は， 一部の新快速の運転区間が湖西線経由およびＪＲ京都・琵琶湖線米原経由ともに敦賀まで延長されたことであり， 運転（退避・接続）パターンに変更はない。
写真は新快速敦賀行1番列車。（前4両が敦賀行クモハ223-3037×4両V27編成，後部4両は近江今津まで）
なお，直流化切替の地上設備の工事は2003年10月から始まり，2006年9月23日夜から翌24日早朝にかけて直流送電に切り替えられている。 交直切替セクションは敦賀駅と北陸トンネル入り口の間に設けられた。 また，電気設備のほか，ホームこう上，構内配線変更（敦賀，近江今津，近江塩津，長浜）などの改良工事も行われた。
車両は，直流電車125系6両，223系14両，交直流電車が新系列521系10両が新製投入されることになっている。 （521系の営業運用開始は11月下旬から）
複々線の西明石以東では，内側線・電車線を普通だけが4分間隔平行ダイヤで運転， 外側線・列車線で新快速と快速がそれぞれ8分間隔で交互に運転されている。
新快速8分間隔運転時間帯は， 新快速だけでなく快速も223系により130km/h運転されている。 （退避パターンは下図のとおり。同図で西明石以東は普通を省略。）
普通は加古川発と西明石発をあわせて， また，ＪＲ東西線直通も含めて西明石以東で4分間隔で運転されている。 ＪＲ東西線直通が入って尼崎以東で穴があくところにはそれを埋める形で尼崎発の普通が設定され， 等間隔運転が確保されている。
| 大阪 | 尼崎 | 西明石 | 加古川 | 姫路 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 新快速 | 8分 | |||||||
| 快速(外側線) | 8分 | |||||||
| 普通 | 4分 | 8分 | - | |||||
| 普通はＪＲ東西線直通および尼崎発も含む | ||||||||
複々線の大阪〜西明石では快速と普通が内側線・電車線走行， 新快速が外側線・列車線走行である。 新快速と普通は別線での走行ながら大阪，芦屋と三ノ宮の各駅で相互接続している。
普通は，ＪＲ神戸線〜ＪＲ東西線直通と ＪＲ宝塚線〜大阪・高槻方面普通が尼崎で相互接続しており， 本線普通と交互に運転されている。
今回，東側運転区間が延長された新快速は，基本的に次の順序となっている。
ダイヤパターンは下図のとおりである。
| 大阪 | 尼崎 | 須磨 | 西明石 | 加古川 | 姫路 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 新快速 | 4本 | |||||||||
| 快速 | 4本 | 2本 | ||||||||
| 普通 | 4本 | - | ||||||||
| 普通東西線直通 | - | 4本 | - | |||||||
| 普通宝塚線直通 | 4本 | - | ||||||||
昼間のダイヤパターンをベースにしているが，三ノ宮で新快速と普通は相互接続せず， 神戸で新快速と快速が相互接続している。
普通は昼間と同じくＪＲ神戸線〜ＪＲ東西線直通と ＪＲ宝塚線〜大阪・高槻方面普通が尼崎で相互接続しており， 本線普通と交互に運転されている。
基本パターンに大阪発の快速が30分ごとに2本が外側・列車線走行で追加される時間帯と， 大阪発の新快速が15分ごとに4本追加されて 基本パターン分とあわせて新快速7.5分間隔となっている時間帯がある。
| 大阪 | 尼崎 | 西明石 | 加古川 | 姫路 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 新快速 | 4+α本 | |||||||
| 快速(外側線) | 0+α本 | |||||||
| 快速(内側線) | 4本 | |||||||
| 普通 | 4本 | - | ||||||
| 普通東西線直通 | - | 4本 | - | |||||
| 普通宝塚線直通 | 4本 | - | ||||||
