2009年3月14日にＪＲグループでダイヤ変更が行われた。 全国的な変更としては夜行列車がさらに削減され，「富士」・「はやぶさ」が廃止，これにより東海道・山陽，そして九州の客車列車，いわゆるブルートレインが全廃となった。 さらに「ムーンライトながら」も臨時列車に格下げとなり，東海道・山陽を走る定期夜行旅客列車は「サンライズ出雲・瀬戸」のみとなってしまった。
京阪神近郊では，深夜のダイヤが見直され，一部線区で最終列車の繰上げが行われている。
ＪＲ神戸線では，深夜時間帯の快速を新快速に変更し， 到達時間を短縮するとともに最終時刻が繰り上げられている。 また，一部列車の運転区間短縮も行われている。 なお，最終快速が新快速になることにより通過となる駅を救済するために， 普通西明石発姫路行を新たに設定している。 また，最終新快速西明石行は兵庫〜西明石で電車線を走行する。 電車線を新快速が走行するのは国鉄最後のダイヤ改正である1986年11月1日以来，久しぶりのことである。
なお，朝ラッシュ時，昼間，夕ラッシュ時のダイヤに変更はない。
複々線の西明石以東では，内側線・電車線を普通だけが平均4分間隔の平行ダイヤで運転， 外側線・列車線で新快速と快速がそれぞれ8分間隔で交互に運転されている。
新快速8分間隔運転時間帯は， 新快速だけでなく快速も223系により130km/h運転されている。 （退避パターンは下図のとおり。同図で西明石以東は普通を省略。）
普通は加古川発と西明石発をあわせて， また，ＪＲ東西線直通も含めて西明石以東で平均4分間隔で運転されている。 ＪＲ東西線直通が入って尼崎以東で穴があくところにはそれを埋める形で尼崎発の普通が設定され， 等間隔運転が確保されている。
| 大阪 | 尼崎 | 西明石 | 加古川 | 姫路 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 新快速 | 8分 | |||||||
| 快速(外側線) | 8分 | |||||||
| 普通 | 4分 | 8分 | - | |||||
| 普通はＪＲ東西線直通および尼崎発も含む | ||||||||
複々線の大阪〜西明石では快速と普通が内側線・電車線走行， 新快速が外側線・列車線走行である。 新快速と普通は別線での走行ながら大阪，芦屋と三ノ宮の各駅で相互接続している。
普通は，ＪＲ神戸線〜ＪＲ東西線直通と ＪＲ宝塚線〜大阪・高槻方面普通が尼崎で相互接続しており， 本線普通と交互に運転されている。
ダイヤパターンは下図のとおりである。
| 大阪 | 尼崎 | 須磨 | 西明石 | 加古川 | 姫路 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 新快速 | 4本 | |||||||||
| 快速 | 4本 | 2本 | ||||||||
| 普通 | 4本 | 2本 | - | |||||||
| 普通東西線直通 | - | 4本 | - | |||||||
| 普通宝塚線直通 | 4本 | - | ||||||||
昼間のダイヤパターンをベースにしているが，三ノ宮で新快速と普通は相互接続せず， 神戸で新快速と快速が相互接続している。
普通は昼間と同じくＪＲ神戸線〜ＪＲ東西線直通と ＪＲ宝塚線〜大阪・高槻方面普通が尼崎で相互接続しており， 本線普通と交互に運転されている。
15分ピッチの基本パターンに大阪発の快速が外側・列車線走行で追加される時間帯と， 大阪発の新快速が15分ごとに4本追加されて 基本パターン分とあわせて新快速7.5分間隔となっている時間帯がある。
| 大阪 | 尼崎 | 西明石 | 加古川 | 姫路 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 新快速 | 4+α本 | |||||||
| 快速(外側線) | 0+α本 | |||||||
| 快速(内側線) | 4本 | |||||||
| 普通 | 4本 | - | ||||||
| 普通東西線直通 | - | 4本 | - | |||||
| 普通宝塚線直通 | 4本 | - | ||||||
