2003年4月15日には岡山から札幌まで，2003年4月17日には札幌から広島まで団臨として運転され，ＪＲ神戸線を走りました。
なお，大阪〜札幌はほぼ通常のトワイライトエクスプレスのダイヤで走ります。
山陽線でもF81トワイライト機により牽引されています。
ＪＲ神戸線でも団体列車が多数運転されます。最近見られたトワイライトエクスプレス車両による団体列車をご紹介します。
トワイライトエクスプレスは，通常は週4往復，多客時には毎日，大阪〜札幌の間を走る豪華寝台列車ですが，団体臨時列車として運転されることもあります。
2003年4月15日には岡山から札幌まで，2003年4月17日には札幌から広島まで団臨として運転され，ＪＲ神戸線を走りました。
なお，大阪〜札幌はほぼ通常のトワイライトエクスプレスのダイヤで走ります。
山陽線でもF81トワイライト機により牽引されています。
ちなみに，岡山から札幌まで24時間26分，札幌から広島まではなんと28時間16分かけてたどり着きます。
写真は広島行団臨トワイライトエクスプレス（2003/04/17）
2010年10月21日発で大阪から米原経由で一旦敦賀へ向かった後，敦賀から湖西・東海道・山陽経由で下関まで，
翌22日発で下関から大阪まで団臨として運転され，ＪＲ神戸線を走りました。
大阪〜敦賀〜京都はEF81トワイライト塗色機，京都〜下関〜大阪はEF65 1134号機が牽引しました。
写真は下関発大阪行団臨トワイライトエクスプレス（2010/10/23）
翌2011年にも，大阪発8月26日，9月2日（台風のため取り止め？），9月9日，9月16日で，
同じコース（大阪〜米原経由〜敦賀〜湖西・東海道・山陽経由（ヨ）〜下関，下関〜（ヨ）〜大阪）の団臨として運転されています。
大阪〜敦賀〜京都はEF81トワイライト塗色機，京都〜下関〜大阪はEF65PFが牽引しました。
写真は下関発大阪行団臨トワイライトエクスプレス（2011/09/11）
また，2012年も大阪6月14日発〜16日着と8月30日発〜9月1日着，2013年は大阪2月21日発〜23日着，2014年に大阪1月16日発〜1月18日着，2015年にも大阪1月15日発〜1月17日着で 琵琶湖一周後に下関に向かう団臨が同じパターンで運転されています。 なお，2015年1月の運行ではEF65PF牽引区間でヘッドマークは掲出されませんでした。
2012年にはトワイライト編成のうちの7両で九州まで団臨として運転されました。
旅客扱い区間は新大阪〜宮崎。回送も含めた運転経路は，
2月12日発宮原操〜（回送）〜向日町操〜（回送）〜新大阪〜（ヨ）〜下関〜宮崎〜（回送）〜都城〜（回送）〜大分，
2月14日発大分〜（回送）〜南宮崎〜（回送）〜宮崎〜下関（ヨ）〜新大阪〜（回送）〜向日町操〜（回送）〜宮原操で，
本州内はEF65PF，関門〜九州内はDE10重連が牽引しました。
写真は新大阪発宮崎行団臨トワイライトエクスプレス（7両）（2012/02/12）
2013年にもトワイライト編成のうちの7両で九州まで団臨として運転されています。 運転経路は， 1月31日発新大阪〜（ヨ）〜下関〜大分， 2月1日発大分〜下関〜（ヨ）〜大阪で， 本州内はEF65PF，関門〜九州内はDE10重連が牽引しました。
2013年7月から9月にかけて開催される広島デスティネーションキャンペーンに向けて， 瀬戸内を臨む山陽線〜呉線をトワイライトエクスプレス車両で行くランチクルーズ列車が旅行会社主催の団体臨時列車として運行されました。
運行日は2013年2月19日・28日，3月19日・28日，4月2日・9日，5月21日，6月4日，9月3日・12日・17日・26日。
クルーズ列車としての運行区間は岡山から山陽線・呉線経由で広島まで。 車両の運転経路は，運行日早朝に宮原操〜（回送）〜岡山〜＜呉線経由クルーズ列車＞〜広島〜（回送）〜岩国〜（回送）（ヨ）〜宮原操で， トワイライト編成のうちの6両を全区間EF65PFが牽引しました。
送り込み（2013/03/19）
返却（2013/06/05）
2013年は，伊勢神宮で20年に一度の式年遷宮と出雲大社で60年ぶりの大遷宮の年。 近鉄とJR西日本の豪華特急列車に乗車して伊勢神宮と出雲大社を参拝するツアーが実施されました。
2013年10月9日に近鉄で大阪上本町から，式年遷宮に合わせてこの年にデビューした観光特急「しまかぜ」に宇治山田まで乗車して伊勢神宮に参拝。 五十鈴川から京都へも「しまかぜ」に乗車後，京都からはＪＲのトワイライトエクスプレス車両に乗車。 東海道線・北陸線で敦賀を経て湖西線まわりで琵琶湖を一周した後，東海道線・山陽線・伯備線経由車中泊で出雲市まで乗車して出雲大社参拝。 帰路は「やくも」と新幹線で新大阪までの旅程です。
トワイライト編成は7両で，京都〜敦賀〜京都でEF81，京都〜出雲市でDD51が牽引し， 帰路は10月10日出雲市発翌朝大阪着の団体列車として伯備線経由で全区間DD51牽引により運転された模様です。（写真）
同じコースで2014年1月29日出発，1月31日大阪着の日程でも運行されています。
大阪〜札幌を走る本来のトワイライトエクスプレスは2015年3月に運行を終了しました。
同年5月から，客室はスイートとロイヤルのみで構成された特別なトワイライトエクスプレスとして団体臨時列車で運転されています。
トワイライト3編成から展望スイート1両を含むA個室車4両のほかサロンカーと食堂車，乗務員用としてBコンパートメント車，電源車を集めて カニ24+オハネフ25+スシ24+オハ25+スロネ25×3+スロネフ25の8両1編成を組成。 山陰コースでは山陰線で個室が海側となるように山陽コースとは編成の向きが逆になっています。
なお，いずれのコースも往路と復路では別の団体ツアーとなっています。
まず，山陽コースとして，2015年5月16日発から6月27日発まで毎週1回，および7月11日と18日発で，
土曜日大阪発〜米原〜敦賀〜湖西線〜京都〜（ヨ）〜下関，
月曜日下関発〜（ヨ）〜京都〜湖西線〜敦賀〜米原〜京都で，
往復とも琵琶湖一周が含まれるルートで運行されています。
牽引機は，往路の大阪〜敦賀〜京都と復路の敦賀〜京都はEF81トワイライト機，往路の京都〜下関と復路の下関〜敦賀はEF65PFでした。
山陽コースも10月以降は琵琶湖一周がなくなり，大阪〜下関の山陽路のみを走るコースに短縮されています。
往路が2015年10月3，10，18日，11月28日，12月5，12日，および2016年1月16日〜2月27日の毎週土曜日発，復路はその2日後発で，
往路大阪発〜（ヨ）〜下関，
復路下関発〜（ヨ）〜大阪で運行されています。
ただし，復路1月18日下関発は「京の冬の旅50回記念号」として，
下関発〜（ヨ）〜京都〜湖西線〜敦賀〜米原〜京都の琵琶湖一周が含まれるルートで運行されます。
牽引機は上り1月18日下関発を除いて全区間EF65PFが牽引しています。 なお，EF65PFは，2015年11月末発までは原色（特急色）でしたが，同年12月はじめからはトワイライト色に塗り替えられたEF65 1124号機が先頭に立っています。
2015年7月と9月に，大阪〜大分の間を各1往復の特別なトワイライトエクスプレスが走っています。 これは，同年7月1日から9月30日まで開催される「おんせん県おおいたデスティネーションキャンペーン」（大分DC）に合わせて催行される旅行会社のツアーとして 団体臨時列車で運転されるものです。
運転経路は，
7月5日・9月12日大阪（午前）発〜（ヨ）〜下関〜大分（午後着），
7月7日・9月14日大分（午前）発〜下関〜（ヨ）〜大阪（午後着）で，
本州内はEF65PF，関門〜九州内はDE10重連が牽引します。（琵琶湖周遊なし）
山陰コースとして，2015年7月25日，8月1，22，29日，9月7，19，26日，10月24日〜11月21日，12月19日，26日，2016年1月9日，3月5日〜19日の各土曜日発で，
土曜日大阪発〜山陽線〜伯備線〜（ヨ）〜山陰線〜下関，
月曜日下関発〜山陰線〜（ヨ）〜伯備線〜山陽線〜大阪で，
牽引機は，
往路が大阪〜（EF65PF）〜瀬戸〜（DD51重連）〜米子〜（DD51）〜下関，
復路が下関〜（DD51）〜米子〜（DD51重連）〜美袋〜（EF65PF）〜大阪でした。
2016年1月18日下関発の特別なトワイライトエクスプレスは「京の冬の旅50回記念号」として運転されました。
これは，京都市と京都市観光協会主催の冬の観光キャンペーン「京の冬の旅」の50回目の開催を記念して企画されたもので，
京都の伝統文化を感じることができるおもてなしがあるようです。
運転経路は，2015年5月から6月に運転された山陽コースの復路と同じで，下関発〜（ヨ）〜京都〜湖西線〜敦賀〜米原〜京都で，琵琶湖一周が含まれるルートです。
牽引機は，下関〜敦賀がEF65PFトワイライト色1124号機，敦賀〜京都がEF81トワイライト色114号機で，いずれも特製ヘッドマークが掲出されました。
