1995年1月17日5:46に発生した兵庫県南部地震により六甲道付近の高架橋崩壊などＪＲ西日本在来線でも甚大な被害を受け，ＪＲ神戸線では当日は終日全線ストップした。 直ちに復旧作業が開始され，翌日からＪＲ神戸線両側から運転が段階的に再開され始めた。 日ごとに運転区間が延びていき，4月1日に最後に残っていた六甲道付近の高架橋が復旧，74日ぶりにＪＲ神戸線が全通した。
| 大阪 | 尼崎 | 甲子園口 | 芦屋 | 住吉 | 灘 | 神戸 | 須磨 | 西明石 | 姫路 | ||||||||||
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| 1995/01/17 | 全線ストップ | ||||||||||||||||||
| 1995/01/18 | 外側線 | 不通 | 複線 | ||||||||||||||||
| 普通 15分間隔（ＪＲ宝塚線塚口まで直通折り返し） | 普通 ラッシュ時15分/昼間30分間隔 | ||||||||||||||||||
| 1995/01/19〜 | 内側線・外側線 | 内側線 | 不通 | 複線 | |||||||||||||||
| 普通 朝12分/他15分間隔 | 普通 朝10分/他15分間隔 | ||||||||||||||||||
| 1995/01/23〜 | 内側線・外側線 | 内側線 | 不通 | 電車線 | 複線 | ||||||||||||||
| 普通 7.5分間隔 | 快速 昼以降所定運転 | ||||||||||||||||||
| 普通 朝6分/昼15分/夕7.5分間隔 | 普通 朝8分間隔 | ||||||||||||||||||
| 1995/01/25〜 | 内側線・外側線 | 内側線 | 不通 | 電車線 | 複線 | ||||||||||||||
| 普通 朝5分/他7.5分間隔 | 快速 昼以降所定運転 | ||||||||||||||||||
| 普通 昼以降30分間隔（ＪＲ京都線新快速の延長） | 普通 朝6分/昼15分/夕7.5分間隔 | 普通 朝8分間隔 | |||||||||||||||||
| 1995/01/30〜 | 内側線・外側線 | 内側線 | 不通 | 兵庫〜鷹取は下り列車線を上り，小運転線を電化して下りとして使用。他は内側電車線 | 複線 | ||||||||||||||
| 普通 朝5分/他7.5分間隔 | 快速 昼以降所定運転＋加古川折り返し列車を姫路までノンストップで延長 | ||||||||||||||||||
| 普通 昼以降15分間隔（ＪＲ京都線新快速の延長） | 普通 朝4分/昼7.5分・15分交互/夕7.5分間隔 | 普通 朝8分間隔 | |||||||||||||||||
| 1995/02/08 | 内側線・外側線 | 内側線 | 不通 | 兵庫〜鷹取は下り列車線を上り，小運転線を電化して下りとして使用。他は内側電車線 | 複線 | ||||||||||||||
| 普通 朝5分/他7.5分間隔 | 快速 昼以降所定運転＋加古川折り返し列車を姫路までノンストップで延長 | ||||||||||||||||||
| 新快速 昼以降15分間隔 | 普通 朝4分/昼7.5分・15分交互/夕7.5分間隔 | 普通 朝8分間隔 | |||||||||||||||||
| 1995/02/09〜 | 内側線・外側線 | 内側線 | 不通 | 兵庫〜鷹取は下り列車線を上り，小運転線を電化して下りとして使用。他は内側電車線 | 複線 | ||||||||||||||
| 普通 朝5分/他7.5分間隔 快速 昼以降15分間隔 |
快速 昼以降所定運転＋加古川折り返し列車を姫路までノンストップで延長 | ||||||||||||||||||
| 新快速 昼以降15分間隔 | 普通 朝4分/昼7.5分・15分交互/夕7.5分間隔 | 普通 朝8分間隔 | |||||||||||||||||
| 1995/02/14〜 | 内側線・外側線 | 内側線 | 不通 | 兵庫〜鷹取は下り列車線を上り，小運転線を電化して下りとして使用。他は内側電車線 | 複線 | ||||||||||||||
| 普通 朝4分/他7.5分間隔 新快速 昼以降15分間隔 |
快速 昼以降所定運転＋加古川折り返し列車を姫路までノンストップで延長 | ||||||||||||||||||
| 快速 15分間隔 | 普通 朝4分/昼7.5分・15分交互/夕7.5分間隔 | 普通 朝8分間隔 | |||||||||||||||||
| 1995/02/20〜 | 内側線・外側線 | 内側線 | 不通 | 下り外側線を下り，下り内側線を上りとして使用 | 兵庫〜鷹取は下り列車線を上り，小運転線を電化して下りとして使用。他は内側電車線 | 複線 | |||||||||||||
| 普通 朝4分/他7.5分間隔 新快速 昼以降15分間隔 |
快速 昼以降所定運転＋加古川折り返し列車を姫路までノンストップで延長 | ||||||||||||||||||
| 快速 15分間隔 | 普通 朝4分/昼7.5分・15分交互/夕7.5分間隔 | 普通 朝8分間隔 | |||||||||||||||||
| 1995/03/10〜 | 内側線・外側線 | 内側線 | 不通 | 下り外側線を下り，下り内側線を上りとして使用 | 内側電車線 | 複線 | |||||||||||||
| 普通 朝4分/他7.5分間隔 新快速 昼以降15分間隔 |
快速 昼以降所定運転 | ||||||||||||||||||
| 快速 15分間隔 | 普通 朝4分/昼15分/夕7.5分間隔 | 普通 朝8分間隔 | |||||||||||||||||
| 1995/03/12〜 | 内側線・外側線 | 内側線 | 不通 | 下り外側線を下り，下り内側線を上りとして使用 | 内側電車線 | 複線 | |||||||||||||
| 普通 朝4分/他7.5分間隔 新快速 昼以降15分間隔 |
快速 昼以降所定運転 新快速 昼30分間隔 |
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| 快速 15分間隔 | 普通 朝4分/昼15分/夕7.5分間隔 | 普通 朝8分間隔 | |||||||||||||||||
| 1995/04/01 | 全線復旧 | ||||||||||||||||||