海峡線津軽今別駅は津軽線津軽二股駅の目の前に設けられました。
国鉄時代なら同一駅として扱われたのだろうと思いますが，海峡線はJR北海道，津軽線はJR東日本にそれぞれ属しているので，別々の駅となっているのでしょう。

北海道新幹線奥津軽いまべつ駅本格着工前に津軽二股から津軽今別を・・・・

津軽二股駅から見た津軽今別駅（2013年2月）

そして，完成間近の同じ位置から・・・

津軽二股駅から見た津軽今別駅（2015年6月）

もし両線が同じ会社に属していれば，北海道新幹線開業時に並行在来線として津軽線はJRから経営放棄されていたのだろうと思いますが，別会社であったために命拾いをしたと考えると複雑な心境です。