JR貨物に所属するED79は1989年に新製された50番代のみで，最終的には重連3往復の運用が残っていました。

新幹線規格の海峡線を行くJR貨物ED79重連貨物列車

軌道敷地内での写真のように見えますが，トンネル入り口横のフェンスで仕切られた外側から撮影しています・・・

北海道新幹線対応のため，EH800が新製されると順次置き換えられ，2015年6月の時点では既にED79が貨物を牽引している姿は見られませんでした。

なお，青函トンネルを通過する貨物列車は，当初はすべてJR北海道所属のED79 0番代および100番代が重連で牽引していました。
このED79 0番代・100番代はED75 700番代から改造されたものでした。
その後，EH500が東北本線から津軽海峡線に直通牽引するようになり，2006年3月にJR北海道車による貨物列車定期運用がなくなっています。