神戸市交通局6000系は2019年2月16日から営業運用を開始し，試乗会と同じヘッドマークが掲出されています。

【神戸市交】営業運用を開始した6000系

初日は6129Fが名谷車庫から西神中央まで回送されたうえで運番15の定期列車と車両を差し替え，西神中央10:07発谷上行で1番列車として営業運行を開始しました。
両先頭車とも試乗会と同じヘッドマークが掲出されています。

1番列車始発駅の西神中央駅では特にセレモニーは行われませんでしたが，事前に時刻が公表されていたこともあり，多数の見物者が訪れ，初列車も満員で出発しました。